Issues de la République des Jeunes, les MJC se fondent en fédération en 1948. Son projet s’inscrit dans l’affirmation d’une démocratie républicaine retrouvée suite aux années noires de la collaboration. Toutefois, l’histoire des MJC commence avant la Libération avec u La Mouffe n dès le début du XXème siècle, la 1ère maison installée rue Mouffetard à Paris, Cette proto-MJC – qui n’en portait pas le nom – accueillait en son sein des activités culturelles à visée émancipatrices. Dans le sillage du catholicisme social, la Mouffe prônait  » l’éveil démocratique »…

Suite à la débâcle en 1940, le gouvernement de Vichy instaure une politique d’encadrement de la jeunesse. A l’aide de son Secrétariat général à la jeunesse, le gouvernement collaborationniste articule son projet autour des chantiers de jeunesse, des écoles de cadres d’Uriage et des maisons des jeunes dont sont issus Joffre Dumazedier – qui fonde par Ia suite Peuple & Culture – ou Maurice Rouchy pour les Céméa. L’organisation vichyste est détournée et sert de base pour la création de mouvements d’éducation populaire : les maisons de jeunes ont une vie du jour officielle – application de la politique de Vichy – et une vie de la nuit clandestine – accueil des jeunes réfractaires au STO. Elles prennent de plus en plus de distance avec Vichy et se fondent en association dès 1943 avec l’Association Nationale des Maisons des Jeunes.

Le 27 septembre 1944, André Philip dépose les statuts de l’association fédératives des foyers, cercles et maisons de la jeunesse de France dite « la République des Jeunes » dont il devient président. La République des Jeunes regroupe une myriade de mouvements de jeunesse, des organisations syndicales et des mouvements de résistance et elle a pour objectif de développer des maisons des jeunes sur l’ensemble du territoire.

Jean Guéhenno, directeur de la culture populaire et des mouvements de jeunesse au sein du gouvernement provisoire présente les missions en ces mots : « Nous voudrions qu’après quelques années, une maison d’école au moins dans chaque ville ou village soit devenue une maison de la culture, une maison de la jeune France, un foyer de la nation, de quelque nom qu’on désire la nommer, où les hommes ne cesseraient plus d’aller, sûrs dy trouver un cinéma, des spectacles, une bibliothèque, des journaux, des revues, des livres, de la joie et de la lumière. Cette maison serait en même temps une maison des jeunes. »

En 1948, la République des Jeunes est rebaptisée Fédération Française des Maisons des Jeunes et de la Culture (FFMJC). Elle est la principale fédération d’éducation populaire du pays et celle sur laquelle le pouvoir gaulliste s’appuie. En réponse au phénomène, dit des « blousons noirs », le Haut-commissaire à la Jeunesse, Maurice Herzog, préconise aux maires de créer des maisons des jeunes pour faire cesser les violence urbaine commise par des jeunes inoccupés. Le développement des MJC se fait avec le soutien d’un Etat planificateur. En une décennie, le nombre de MJC passe de 250 à plus de 1200. 

Suite à la participation aux mobilisations sociales de 1968, les MJC et la FFMJC deviennent la cible du gouvernement. François Misoffe et Joseph Comiti, secrétaires d’Etat à la jeunesse de l’époque  soupçonnent d’être trop proches du Parti Communiste. Cette situation suscite une contestation au sein de la FFMJC qui conduit à la 1ère scission et la création de l’Union des fédérations régionales de MJC (UNIREG) en 1969. Contre l’avis du gouvernement, la FFMJC défend la dimension nationale du projet des MJC et son principe de cogestion tandis que I’UNIREG prône l’autonomie des fédérations régionales. A la fin des années 80, une nouvelle scission se produit au sein de la FFMJC avec la création de I’AREGES qui fusionne avec I’UNIREG en 1995 pour constituer la Confédération des MJC de France (CMJCF).

Malgré les scissions, les MJC conservent des projets éducatifs similaires et le rêve d’une action globale à visée de transformation sociale. Entre la diffusion culturelle, les pratiques artistiques en amateur, l’animation jeunesse ou l’accompagnement social, les MJC s’attachent à être présentes pour répondre aux besoins des habitants de leurs territoires d’implantation. 

En prise avec des difficultés économiques, la FFMJC est liquidée en 2020. Le processus de convergence avec la CMJCF aboutit  en 2022 pour réunir à nouveau l’ensemble des MJC dans une maison commune : MJC de France.